2009年10月，经专家评审，江苏省教育厅务会研究决定，南京农业农业大学“中国农业历史研究中心”被确定为首批“江苏高校哲学社会科学重点研究基地”。目前，基地主任为王思明教授，主任助理为何红中副教授，行政秘书和资料管理员为刘馨秋副教授。

“中国农业历史研究中心”下设江苏农业文化遗产研究室、太湖流域区域发展研究室和苏北农业灾害与环境研究室。其中：

江苏农业文化遗产研究室致力于梳理和掌握江苏重要农业文化遗产的分布、数量、特征、保存现状、环境状况等基本情况，并通过评估这些农业文化遗产的社会、经济、历史价值，全面了解江苏农业文化遗产状况，机构负责人为王思明教授。

太湖流域区域发展研究室致力于深入、系统地研究明清时期该地区农业发展的历史过程、历史成就及其特点，从中总结历史规律，挖掘传统农业精华，从而对区域经济、文化的协调发展和社会进步起到推动作用，机构负责人为惠富平教授。

苏北农业灾害与环境研究室致力于分析造成本时期苏北农业灾害频发的深层原因，还历史以本来面目，从生态环境和社会的视角去分析当时灾害的生发原因和相互间的螺旋互动关系。在此基础上，努力探寻历史时期苏北灾害生发的脉络，找出一些规律性的特征，古为今用，为今天苏北地区的灾害防治与经济发展提供有益借鉴，机构负责人为严火其教授。