中华农业文明研究院（又名中国农业遗产研究室）是一个以研究、传承中国农业历史文化为宗旨的专业学术机构。其历史最早可追溯至1920年创建的金陵大学农业史资料组。
1955年7月，经农业部批准，正式成立中国农业遗产研究室。“文革”期间,研究工作一度中断。其后，在周恩来总理的亲自关怀下，开始恢复建制。
1978年，经国务院批准，更名为中国农业科学院农业技术史研究室，室址设在江苏省农业科学院。1979年，迁至南京农业大学。1984年，更名为中国农业科学院?南京农业大学中国农业遗产研究室。
2001年6月，对相关学科力量进行整合，组建成中华农业文明研究院。