中国古代传统农业文化对周边地区产生了深远的影响，尤是近邻日本在历史上曾经积极吸收中国文化，大量引进中国的农业典籍，在我国传统农业文化的影响下，形成了与中华农业文明同质的以精耕细作为突出特征的日本传统农业文化。因此，对中日两国的农业文化进行比较研究，具有重要的学术价值和现实意义。为了推进中日农业文化交流史和两国农业历史文化的比较研究，2005年8月，南京农业大学中华农业文明研究院成立了中日农史比较研究中心，中心主任为衣保中教授。

该中心曾承担了日本住友财团项目“日本与清末中国西方农学引进”的研究课题，并在中国农业文化在日本的传播、中国传统农业文化对日本传统农业的影响、日本在近代中国引进西方农学中的中介作用等方面展开研究。目前，中心已经与日本北海道大学、关西学院大学、大阪经济大学、岛根县立大学等大学以及日本农业历史学会、日本关西农史学会等相关机构的学者建立了交流关系。